Yozgat Lisesi 1895 yılında II. Abdülhamit döneminde beş yıllık nehari kladi (Rüştiye denilen ortaokullardan sonra yüksek okullara hazırlayıcı okul) olarak açılmıştır. Bu binanın yapanı ve yaptıranı belli değildir. Bunun sebebi de binanın cümle kapısı üzerinde bulunan kitabenin kazınmış olmasındır. Eğer kitabe kazınmamış olsaydı böyle bir durumla karşılaşmazdık. 15 Haziran 1927’de Resmi Cedide’de yayınlanan 23 Mayıs 1927’de çıkarılan “ Tuğra ve Medeniyetlerin” kaldırılması hakkındaki kanunun yanlış anlaşılması sonucu mülki idareciler cümle kapısı üzerindeki kitabeyi kazıtmışlardır.
Yozgat Lisesi, 1912 yılına kadar ilkokul 1912 yılında ortaokul olarak ve yatılı halde Manastır Sultanisi’nin lağvı üzerine oradan gelen az bir öğrenci ve öğretin üyesi ile şimdiki binada eğitim ve öğretime açılmıştır. Daha sonra bir müddet kapatılarak öğrenciler Konya Lisesi’ne nakledilmişler. Ancak halkın isteği üzerine okul 1924 yılında tekrar açılmıştır. Okulumuz ilk defa 1933–34 yılından itibaren lise olarak eğitim ve öğretim hizmetine sunulmuştur. Lisenin açılmasına Yozgat halkının bilhassa Yozgat milletvekili Salih Bozok ve Vali Baran Beylerin büyük gayretleri olmuştur.
1940’lı yıllarda öğrenci mevcudunun artması üzerine ortaokul Cumhuriyet İlkokulu ile ikili eğitime devam etmiş bilahare eski idadi binasına taşınmış. 1946–47 yılında yeniden lise binasına alınmıştır. 1966–67 öğretim yılından itibaren lise ortaokuldan ayrılarak müstakil hale getirilmiştir. Lisede ilimizle beraber civar illerden yatılı öğrenciler devlet hesabına okutulmuştur.